Villabona Tolosako barruti judizialari dagokio. 17,8 km2-ko zabalera du eta itsasoaren mailarekiko altitudea 128 m-koa da herri-gunean.
Udalerria Oria ibiak eratutako ibarrean dago eta haren lurraldea ipar-ekialdetik hego-mendebaldera igotzen da Urdelar mendirantz. Hidrografia sareak ibai nagusia du –Oria ibaia– eta honen ertzean dago hiribildua. Halaber, beste zenbait erreka Oria ibaira edo Leitzaran ibaira isurtzen dira.
Lurraldearen %70a basoek osatzen dute. Bertan, pagoak, haritzak eta gaztainondoak ditugu, berez, landaretza atlantiko-hezeari dagozkionak. Baina, gizakiaren neurri gabeko esku-hartzeak, bertako landaretza ia ezabatu du, eta intsignis pinua zabaldu da. Larre naturaletan eta alfer-lurretan garoa, txilarra, otea.... aurkituko dugu.