Villabona pertenece al partido judicial de Tolosa. Su extensión es de 17,8 km2 y su altitud respecto al nivel del mar es de 128 m. en el núcleo de viviendas.
Está situado el municipio en el valle que forma el río Oria, ascendiendo su terreno de noreste a suroeste hacia el monte Urdelar. La red hidrográfica se compone de un río prinicipal: el Oria, a cuyo margen derecho se sitúa la villa, y una serie de arroyos que descienden de las colinas muriendo en el propio Oria o en el río Leizarán.
El territorio está formado por un 70 % de masa forestal que engloba hayas, robles y castaños propios de una vegetación atlántico-húmeda, pero la nefasta intrvención del hombre casi ha eliminado esta vegetación autóctona a expensas del pino insignis. Los pastos naturales y eriales están representados por helechos, brezos, argomas...